IRRF sobre agenciamento de passagens com taxa negativa de 12%

Prezados colegas,
Gostaria de debater uma questão tributária envolvendo contratos públicos de agenciamento de viagens e retenção de IRRF na fonte.
Em um contrato administrativo de agenciamento de passagens, foi ofertada taxa de agenciamento negativa de 12%, ou seja, houve a concessão de desconto incondicional diretamente sobre o valor das passagens emitidas.
O órgão público contratante, com base no art. 12, §10 da IN RFB nº 1.234/2012, entendeu que a retenção do IRRF deve incidir sobre o valor bruto nominal do bilhete, sem considerar a dedução da taxa negativa/desconto concedido.
Além disso, a Auditoria sustentou que:
A base de cálculo deve ser o valor bruto da passagem;
Não haveria amparo legal para exclusão de descontos incondicionais nesse tipo de operação;
A retenção deveria ocorrer separadamente sobre:
o valor da passagem (transportadora)
a comissão da agência (agenciamento)
O entendimento pela retenção sobre valor líquido contrariaria norma específica da própria IN RFB nº 1.234/2012.
Entretanto, analisando tecnicamente a matéria, surgem alguns contrapontos relevantes:
O art. 2º, §8º da própria IN RFB nº 1.234/2012 admite expressamente a dedução de descontos incondicionais da base de cálculo;
A Solução de Consulta COSIT nº 211/2015 reconhece que descontos incondicionais reduzem a base tributável quando destacados e não condicionados a evento futuro;
O Decreto nº 9.580/2018 (RIR/2018), art. 208, §1º, determina que a receita líquida exclui descontos incondicionais;
O valor da passagem não representa receita própria da agência, mas mero ingresso transitório destinado ao repasse à transportadora, nos termos do art. 43 do CTN;
STJ e STF possuem entendimento consolidado de que valores pertencentes a terceiros ou meramente transitórios não integram base tributável.
Diante disso, a dúvida é:
É juridicamente correto exigir retenção de IRRF sobre o valor bruto nominal da passagem, mesmo havendo taxa negativa expressa e atuando a agência apenas como intermediadora?
Ou a retenção deveria incidir apenas sobre o valor líquido efetivamente pago, já com a exclusão do desconto incondicional?
Alguém já enfrentou situação semelhante com prefeituras ou órgãos públicos?
Gostaria de ouvir a experiência prática e o entendimento técnico dos colegas.
Agradeço desde já pela contribuição.