Julio,
Então a retenção está correta e é devida, pois pelo anexo I da IN RFB 1.234/12 as entidades públicas na qualidade de adquirentes/tomadoras reterão o IR aos pagamentos realizados a outras PJ.
Como no caso aqui narrado é sobre mercadorias/bens a alíquota é exatamente de 1,2%.
Quanto ao percentual de recolhimento estadual de MG, esse me abstenho de opinar, pois trata-se normativo específico, no entanto, se for determinado em lei é devida ainda sim.
É válido reforçar, que caixas estaduais/conselhos de escola costumam ser em regra entidades privadas sem fins lucrativos que recebem recursos estatais, mas não detém a qualidade de entidade pública, por isso questionei na mensagem anterior.
No mais, os procedimentos realizados pela entidade estadual estão corretos.
"A virtude de uma pessoa mede-se não por ações excepcionais, mas pelos hábitos cotidianos!"
Kaik R. Vieira
Contador (setor público e privado)
Ex-Perito Judicial
CRC: 0021187/O - ES
Vitória/ES