Elidiani, boa pergunta - antes de fechar entre as duas opções eu conferiria um ponto que pode mudar a conta inteira: o Fator R soma toda a folha de salários (pró-labore + encargos do sócio + salários e encargos de empregados) sobre o RBT12, não só o pró-labore do titular. Se essa empresa tiver empregados registrados, a folha total pode ter passado dos 28% em algum período mesmo com pró-labore de R$ 2.000 - vale reconferir isso antes de assumir que os 3 anos inteiros ficaram mesmo abaixo do limite.
Se depois de reconferir o cálculo continuar abaixo de 28% o tempo todo, aí sim seria caso de retificar. E eu evitaria o caminho 2: dar baixa na empresa não apaga o débito de Simples que já existe, ele sobrevive ao encerramento e pode recair sobre o sócio depois - não resolve, só adia, e ainda tira a chance de negociar ou parcelar com a empresa ativa.
Sobre o valor: se ela retificar por iniciativa própria, antes de qualquer notificação ou início de fiscalização, entra a denúncia espontânea - livra da multa de ofício, fica só imposto mais juros (Selic). Os 30 mil que você estimou já são só com juros ou incluem multa de ofício? Porque com denúncia espontânea o número costuma cair bastante. Eu rodaria o PGDAS-D retificador pra ter o valor exato antes de conversar com o cliente.