Desenquadramento do Simples em 2026 - Emissão indevida por 9 meses

Bom dia, pessoal! Preciso de uma luz, porque caiu uma bomba no meu colo aqui e já revirei a internet toda sem achar solução.
A situação é a seguinte: duas empresas de comércio foram desenquadradas do Simples em 01/01/2026 e passaram para o Lucro. Elas foram avisadas do desenquadramento na época, mas simplesmente sumiram por 9 meses sem mandar um arquivo sequer para a contabilidade.
Agora a bucha chegou. Durante todos esses 9 meses, os sistemas emissores não foram atualizados e as empresas continuaram emitindo todas as NF-e e NFC-e como se ainda fossem do Simples (usando CSOSN em vez de CST, sem destacar os impostos, tudo errado).
Estou tentando ver como resolver isso da forma menos traumática possível, e minhas dúvidas são:
Sefaz: Como vocês fariam para regularizar esse volume absurdo de 9 meses de notas erradas? Emitir nota complementar de tudo parece inviável. Seria caso de denúncia espontânea, ou tem como fazer o ajuste direto na escrituração?
Domínio Sistemas: Alguém sabe como parametrizar a importação na Domínio pra ela ignorar o CSOSN que vem no XML e calcular o ICMS, PIS e COFINS direto pelas alíquotas do Lucro? Preciso de alguma regra ou configuração em lote para não ter que arrumar nota por nota na mão.
Se alguém já passou por esse pesadelo e puder compartilhar como contornou, me salvaria muito. Valeu!

Sampaio, bom dia. Aqui quando ocorreu apuramos ICMS, PIS, COFINS, IRPJ e CSLL diretamente no sistema contábil, sem emitir nota complementar.
No sistema domínio você precisa criar uma vigência dos parâmetros como se fosse do Simples Nacional para importar.
Após a importação você faz a apuração do ICMS, PIS e COFINS.