Nota Fiscal de Produtor

Minha Empresa é Lucro Real e compramos de fornecedores rural que emitem NF de Produtor. quando damos a entrada na NF de produtor faturada como venda emitimos uma contraNF nossa que é contabilizada e descontamos o 2.3% do funrural no pagamento.
minha duvida é quando eles emiti NF de bonificação, a minha empresa tem que emitir a contra nota e desconta o 2.3% do funrural mesmo sendo bonificado?