Inclusão no Simples Nacional de Ofício

Prezados amigos, vejam no que pode nos orientar a cerca da inclusão de ofício de uma empresa que foi aberta dia 07/12/2009 a empresa requereu o alvará em maio deste ano e o mesmo saiu exatamente dia 05/10/2010. A prefeitura informou que ela não tem como incluir no simples de ofício por que no período dos 180 dias não foi solicitado, mesmo a prefeitura indeferindo o pedido, pois, ainda não havia inscrição municipal, contudo o contabilista da empresa na época não solicitou este pedido. A prefeitura informou que se houvesse feito o pedido dentro dos 180 dias mesmo ela indeferindo agora ela conseguiria incluir esta empresa no simples, seria a inclusão de ofício. Estive na Receita Federal, mas, o responsável pelo Simples Nacional não se encontrava, gostaria de saber se realmente a prefeitura só consegue se fizer o pedido, mesmo sendo indeferido nos 180 dias? E se por acaso não conseguir com a REceita Federal a inclusão no simples o que fazer para e empresa não ser prejudicada, pois, nesta situação ela está no lucro presumido e teria aí que fazer as DCTFs mensais de Janeiro até a presente data, o que fazer nesta situação, qual a melhor saída?

A regra é dos 180 dias.
Se não foi feito o pedido formal no prazo previsto, realmente não terá muita solução não.
Talvez o caminho possa ser uma ação na justiça federal e o advogado encontrar algum caminho jurídico para tal.