Sim, se o serviço incide a tributação é correta sim a retenção sem o destaque na nf, tendo em vista que a responsabilidade da retenção é da fonte pagadora.
Se a empresa foi optante pelo Simples, ela deve entregar junto com a nf uma declaração, assinada pelo representante legal, informando esta situação. isto está previsto na IN 459. A simples informação na nota desta condição, ou a consulta do site na Receita não isentam o envio da declaração, onde o representante legal se responsabiliza por esta informação.
Aqui na empresa, se identificamos esta situação antes do recolhimento do tributo e o fornecedor envia a declaração antes de efetuarmos o pagamento, fazemos a devolução ao fornecedor.