Boa noite Ian,
Ratificando o que o Jacson escreveu, a opção pelo Lucro real anual, Lucro real trimestral ou Lucro presumido será manifestada pelo pagamento da primeira quota do IRPJ de qualquer um dos regimes, mediante elaboração e pagamento de DARF com código da receita próprio, sendo que a legislação não permite mudar a forma de tributação durante o ano-calendário (Artigo 13º da Lei 9.718/1998).
É o que se lê nos incisos I e IV, Artigo 516º do Regulamento do Imposto de Renda Decreto 3000/1999 que dispõem:
Art. 516. A pessoa jurídica cuja receita bruta total, no ano-calendário anterior, tenha sido igual ou inferior a vinte e quatro milhões de reais, ou a dois milhões de reais multiplicado pelo número de meses de atividade no ano-calendário anterior, quando inferior a doze meses, poderá optar pelo regime de tributação com base no lucro presumido (Lei nº 9.718, de 1998, art. 13).
§ 1º A opção pela tributação com base no lucro presumido será definitiva em relação a todo o ano-calendário (Lei nº 9.718, de 1998, art. 13, § 1º ).
§ 4º A opção de que trata este artigo será manifestada com o pagamento da primeira ou única quota do imposto devido correspondente ao primeiro período de apuração de cada ano-calendário (Lei nº 9.430, de 1996, art. 26, § 1º).
Ora, se a opção pela tributação na sistemática do Lucro Real é (por força de lei) definitiva, para todos os efeitos sua empresa é tributada pelo Lucro Real, ou seja, não poderá alterar os DARFs referentes ao pagamento do IRPJ e da CSLL elaborados com o código da receita referente a recolhimento pelo Lucro Real .
Nestes termos se pode dizer que os DARFs do PIS e da COFINS foram elaborados e pagos com o Código da Receita errados, logo, a Receita Federal não pode impedir a correção.
Para corrigí-los basta elaborar REDARFs - Retificação de DARF . Os procedimentos para tanto estão descritos na página indicada pelo link.
Nota
Não basta alterar os DARFs, há que se refazer os cálculos do PIS e da COFINS, agora na sistemática de Não-cumulatividade e obedecer as regras contábeis e fiscais próprias de empresas tributadas pelo Lucro Real, esta empresa está sujeita a ECD, escrituração do Lalur etc.
...