Samuel,
boa noite.
Não se preocupe, pois seus questionamentos foram didáticos e muito bem elaborados. Particularmente admiro textos redigidos sem pressa e elogiável a sua  preocupação em saber se será entendido em suas indagações.
Sobre suas dúvidas:
1 - Gostaria, se possível, que alguém me explicasse, se esse ano refere-se aos últimos 12 meses, ou ao ano corrente?
Refere-se ao ano corrente, na verdade, aos trimestres do ano-calendário.
2 - No caso de uma empresa que começou em janeiro, e que em setembro (3º trimestre)ultrapassou o valor de 120.000,00, é apenas no terceiro e no quarto trimestre que terei como 
base de cálculo 32%, ou terei que utilizar essa base também para o primeiro e segundo trimestre, pagando a diferença do IR desses dois primeiro trimestres até o último dia de outubro?
Quando a receita bruta em determinado trimestre ultrapassar os R$ 120.000,00, o contribuinte deverá determinar nova base de cálculo do imposto, com o percentual de 32% (§ 4° do art. 36 da IN SRF n° 93, de 1997) e apurar a diferença do imposto postergado em cada trimestre transcorrido, 
no trimestre em que foi excedido o limite.
A diferença deverá ser paga em cota única, 
em darf separado, código 2089  
até o último dia útil do mês subseqüente ao trimestre em que ocorrer o excesso,  sendo que após este prazo, incidirão os acréscimos de 
juros e multa.
Dessa forma, tendo no 3º trimestre de 2011 extrapolado os R$ 120.000,00,  a diferença deveria ter sido paga até 31/10/11.
Fonte: 
Receita Federal.Att
Hugo.