Bom dia Sandra,
A expressão "inscritos no registro de comércio" refere-se as Juntas Comerciais, posto que o dispositivo foi criado para trazer a formalidade o empreendedor individual.
A figura do "Pequeno Empresário" ou "empreendedores Individuais" foi criada pelo artigo 68º da Lei Complementar 123/2006 cuja íntegra abaixo transcrevo:
Artigo 68º- Considera-se pequeno empresário, para efeito de aplicação do disposto nos artigos 970 e 1.179 da Lei no 10.406, de 10 de janeiro de 2002, o empresário individual caracterizado como microempresa na forma desta Lei Complementar que aufira receita bruta anual de até R$ 36.000,00 (trinta e seis mil reais).
Lê-se nos dispositivos mencionados no artigo em epígrafe:
(...)
Artigo 970 - A lei assegurará tratamento favorecido, diferenciado e simplificado ao empresário rural e ao pequeno empresário, quanto à inscrição e aos efeitos daí decorrentes.
(...)
Artigo 1179 - O empresário e a sociedade empresária são obrigados a seguir um sistema de contabilidade, mecanizado ou não, com base na escrituração uniforme de seus livros, em correspondência com a documentação respectiva, e a levantar anualmente o balanço patrimonial e o de resultado econômico.
§ 1º Salvo o disposto no art. 1.180, o número e a espécie de livros ficam a critério dos interessados.
§ 2º É dispensado das exigências deste artigo o pequeno empresário a que se refere o art. 970.
O empreendedor individual, assim entendido como o empresário individual a que se refere o artigo 966 da Lei nº 10.406, de 10 de janeiro de 2002, com receita bruta acumulada no ano de até R$ 36.000,00 (trinta e seis mil reais):
I - poderá optar por fornecer nota fiscal avulsa obtida nas Secretarias de Fazenda ou Finanças dos Estados, do Distrito Federal ou dos Municípios, nos termos definidos pelo respectivo ente federativo;
II - fará a comprovação da receita bruta, mediante apresentação do registro de vendas ou de prestação de serviços, ou de escrituração fiscal simplificada, nos termos definidos pelo respectivo ente federativo, hipótese em que o empreendedor individual fica dispensado da emissão do respectivo documento fiscal;
III - poderá optar por fornecer nota fiscal gratuita, quando disponibilizada pelo respectivo Município.
Para o empresário individual com receita bruta anual no ano anterior de até R$ 36 mil, o estatuto concede outros benefícios por dois anos, como contribuir para a Seguridade Social com alíquota menor (11%), dispensa de pagamento do salário-educação e do imposto sindical e dispensa do pagamento de contribuições na demissão sem justa causa e da contribuição adicional sobre a remuneração do empregado.
O empresário enquadrado nessa situação também não precisará pagar as contribuições às entidades privadas de serviço social (Sistema S).
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