Boa noite Sabrina,
Você tem razão quanto às receitas decorrentes das vendas de mercadorias com substituição tributária do ICMS (por exemplo).
Neste caso a tabela a ser usada será aquela que prevê a "diminuição do ICMS" já pago por substituição quando da compra.
O mesmo ocorre para outros impostos inclusos entre os que compõem o Simples Nacional e são pagos por substituição tributária, basta você "procurar" a tabela própria que exclui o referido imposto.
No caso de revenda de mercadorias com substituição tributária do ICMS a tabela a ser usada será a Tabela 1 da Seção II do Anexo I (veja o cabeçalho abaixo)
Anexo I - Partilha do Simples Nacional - Comércio
Seção II: Receitas decorrentes da revenda de mercadorias sujeitas a substituição tributária, exceto as receitas decorrentes da revenda de mercadorias para exportação
Tabela 1 - Substituição tributária somente do ICMS
Esta Tabela poderá ser encontrada no Anexo I da Resolução CGSN 005/2007, no link:
www8.receita.fazenda.gov.br
...