Boa tarde José,
Em primeiro plano em colocaria a responsabilidade. Neste caso, se a empresa é sua cliente, você também é responsável pela "troca de atividades" haja vista que tem havido até então sonegação explícita caracterizada pela constante omissão de receitas.
Este cliente deve ser notificado (por escrito) da sonegação decorrente e do risco fiscal que se sujeita com a referida omissão de receitas. Desta forma com base no Contrato de Prestação de Serviços Contábeis e na Notificação acima, se autuado seu cliente não poderá afirmar que "desconhecia o fato porque não foi orientado" e como você não foi contratado para permanecer na empresa "conferindo" a origem das receitas, não poderá ser co-responsável por isto.
Se a empresa tem em seu Contrato Social as duas atividades (comércio e serviços) e se optar pela sistemática do Simples Nacional, terá que segregar as receitas decorrentes da cada atividade submetendo as do comércio às alíquotas das tabelas do Anexo I e as de Serviços às do Anexo V.
Por se tratar (então) de empresas com atividades mistas, o cálculo e recolhimento do INSS Patronal deverão seguir orientações a serem divulgadas pela Receita Federal do Brasil.
É o que consta no Artigo 8º da Resolução CGSN 005/2007, cuja íntegra abaixo se lê:
Art. 8o Na hipótese de a ME ou a EPP auferir receitas previstas nos incisos I a XII do § 3o, concomitantemente com receitas previstas nos incisos XIII a XXVI, e no § 4o, todos do artigo 12º da Resolução CGSN 004, de 2007, o valor devido da Contribuição para a Seguridade Social, a cargo da pessoa jurídica, não incluído no Simples Nacional, seguirá orientação de norma específica da RFB.
Como você não mencionou a que tributação está atualmente sujeita a empresa em questão, não há como lhe dizer se "será mais vantajosa (ou não)" a adesão ao Simples Nacional.
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