Renato, risco tem sim, se você tem recebido de seus clientes e efetua os depósitos na conta da empresa, isto prova que a empresa está em atividade sendo o valor alto ou baixo em conta, estando em atividade obrigatoriamente perante a legislação deve emitir as notas fiscais de entradas. Neste caso, você deveria emitir as notas fiscais e recolher os impostos devido, pois mesmo que o valor seja baixo, se a receita federal de alguma forma o intimar você terá que provar a origem do recurso e fazer os recolhimentos retroativos. Pode ser que você tenha sorte e não receba intimação nem fiscalização dos órgãos competentes pelo baixo valor em conta, mas caso aconteça, o prejuizo pode ser maior, lembrando que a receita federal a cada dia busca formas de fazer cruzamentos de informações. Obrigado