Boa noite Sandra,
Interessante sua colocação, mas não está correta.
No exemplo acima e para qualquer efeito, você não está "pagando INSS duas vezes" e sim pagando em "duas partes" o mesmo percentual.
Eu explico;
Vamos supor que sua receita bruta acumulada nos últimos doze meses anteriores ao do período de apuração tenha totalizado R$ 1.300.000,00 e que a receita do período tenha sido de R$ 100.000,00 dos quais R$ 50.000,00 são decorrentes das atividades comerciais e os outros R$ 50.000,00 das industriais.
Você pagará apenas 3,99% de INSS sobre a receita bruta total do mês (100.000,00) sendo 50.000,00 do comércio e 50.000,00 da indústria e não "duas vezes" como você mencionou. Ou seja, você está pagando os mesmos 3,99% "em" duas vezes (duas bases de cálculo para mesma alíquota) e não "duas vezes" os 3,99% que totalizariam 7,98%.
É como recolher o INSS de dois empregados. O fato de você calcular as mesmas alíquotas para cada um não significa que você esteja "duplicando" o imposto e sim que ao invés de uma, você tem duas bases de cálculo para o mesmo percentual de imposto.
Lembre-se que não importa a quantidade de bases de cálculo (comércio, serviços e indústria) você vai recolher o Simples Nacional em um único DAS totalizando os cálculos efetuados para cada atividade.
Cabe lembrar ainda que a empresa "não paga" a parte dos empregados e do pró-labore, como você afirma. Em verdade a empresa apenas "repassa" as contribuições que descontou dos empregados e dos sócios.
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