Bom dia Edneia,
Está (a meu ver) havendo uma pequena confusão. Se não, me corrija.
A empresa tributada pelo Lucro Presumido é a prestadora de Serviços e emitiu a Nota Fiscal de Serviços contra outra empresa (tomadora dos serviços) certo?
Como se trata de serviços prestados entre pessoas jurídicas a lei determina que seja retido na fonte 1,5% de Imposto de Renda. Logo, sobre esta Nota será "descontado" o referido imposto de renda.
Quem tem de recolher o imposto retido (e é responsável por isto) é a empresa tomadora dos serviços. Ela terá de recolher o imposto em um DARF com código 1708 em nome da prestadora e no ano seguinte entregar a DIRF informando que reteve da prestadora o IRRF mencionado.
A empresa Prestadora deverá diminuir este imposto que foi descontado dela (retido na Nota) do imposto que ela terá de pagar no trimestre. Ou seja, a prestadora do serviço deve considerar o imposto retido na fonte como um adiantamento daquele (IRPJ) que ela terá de pagar trimestralmente.
Não se tem que usar PER/DCOMP pois não houve pagamento a maior ou indevido, a "compensação" que você tem que fazer (repito) é com o IRPJ que terá de pagar.
Se a Nota Fiscal de Serviços for de valor igual ou superior a R$ 5.000,00 incidirão também 4,65% referente a PIS, COFINS e CSLL e se for o caso, voltamos a conversar sobre o assunto.
Se continuarem as dúvidas, conte conosco.