Paulo e Mário,
No meu entendimento, o fato gerador do IRRF, quando de serviços prestados por pessoas jurídicas a outras pessoas jurídicas, será o crédito ou o pagamento, o que ocorrer primeiro, conforme art. 647 do RIR/99, o qual transcrevo abaixo.
Art. 647. Estão sujeitas à incidência do imposto na fonte, à alíquota de um e meio por cento, as importâncias pagas ou creditadas por pessoas jurídicas a outras pessoas jurídicas, civis ou mercantis, pela prestação de serviços caracterizadamente de natureza profissional (Decreto-Lei nº 2.030, de 9 de junho de 1983, art. 2º, Decreto-Lei nº 2.065, de 1983, art. 1º, inciso III, Lei nº 7.450, de 1985, art. 52, e Lei nº 9.064, de 1995, art. 6º).
...
Sendo assim, no caso exposto pelo Paulo, o período de apuração do IRRF, será 30/09/2012.
Att.
Adalberto