Prezado Daniel, boa tarde!
Vou tentar colocar um exemplo prático para tentar esclarecer sua dúvida.
Digamos que sua empresa excedeu o limite do Simples no mês 09/2012, neste caso somente é aplicado a majoração de 20% sobre a receita excedida, Exemplo: vc tinha R$ 3.000.000,00 de faturamento acumulado em agosto/2012, qaundo foi em setembro vc faturou R$ 700.000.00, com isso vc excedeu R$ 100.000,00, no mês 09/2012 vc terá duas apurações diferente, sobre R$ 600.000,00 que completa os R$ 3.600.000,00 do limite vc aplica apenas a última alíquota da tabela(porque até ai não houve excesso), e os R$ 100.000,00(valor excedido) vc vai aplicar a última alíquota da tabela acrescida de 20%.
Abraço,
Edson Amaral