Simples x Lucro Presumido

Tenho a seguinte situação a empresa era optante pelo Simples Federal até o fim do 1º Semestre/2007, porém quando foi no inicio do 2º semestre/2007 ela não migrou para o SIMPLES, devido Restrições (Débito).
Porém ela emitiu NFs em 05/2007 para um orgão Público Federal, o qual somente agora está efetuando o pagamento, e o mesmo que deduzir todas as retenções no pagamento como Lucro Presumido. Pergunto isso é certo ? sendo que a empresa pagou os seus tributos na época como Simples.
Como devo procede diante deste fato. Alguma lesgilação que nos respalde para não haver tal dedução. HELP

Boa noite Leticia,

Providencie uma Declaração em que conste (nos termos da Lei 9317/96) a condição de sua empresa como optante pelo Simples Federal na época e a apresente ao Órgão em questão.

Eles serão obrigados a reconhecer a legitimidade de sua declaração e deverão pagá-la sem as pretendidas retenções.

Farão prova (também) da condição de Optante pelo Simples Federal os recibos da entrega da Declaração de Imposto de Renda (PJ Simplificadas) pagamentos efetuados via DARF com Código de Receita 6106 e outros.

O Órgão em questão só poderá contestar e estará obrigado a pagamento integral se sua contabilidade está sendo feita pelo Regime de Caixa e não pelo de Competência.

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