Bom dia Leticia,
O § 1º, Artigo 3º da Lei Complementar 123/2006 determina:
§ 1º Considera-se receita bruta, para fins do disposto no caput deste artigo, o produto da venda de bens e serviços nas operações de conta própria, o preço dos serviços prestados e o resultado nas operações em conta alheia, não incluídas as vendas canceladas e os descontos incondicionais concedidos.
Se ela incluir na Nota Fiscal o valor que você chama de "Taxa de Entrega" está tomando para sí o ônus tributário sobre este valor. Não importa se a empresa deve pagar determinado valor ao motoboy referente ao custo da entrega. No mesmo raciocinio ela (empresa) deverá pagar também ao dono do imóvel pelo aluguel, aos empregados pelos serviços prestados, etc.
O que eu quero dizer é que para empresa os serviços prestados pelo motoboy são apenas custos ou despesas, se ela consegue adicioná-los ao preço de seus produtos, ótimo! Mas deve pagar o Simples Nacional sobre o total de suas receitas e entre estas estão (no caso) incluídos os custos da entrega.
Alternativamente com vistas a diminuir a carga tributária a empresa pode:
1. Não incluir tais valores na Nota Fiscal, ou
2. Repassar o dinheiro ao motoboy já diminuido dos impostos.
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