Olá Rodrigo!
É isto mesmo, o sistema irá calcular a parte tributada pelo ICMS e não tributada no caso das mercadorias em regime de Substituição Tributária.
Por exemplo, você adquire mercadorias para revenda no valor de R$ 100,00, destas R$ 60,00 é regime normal de ICMS e R$ 40,00 com Substituição Tributária. Lançará na entrada R$ 60,00 com o CFOP 1.102 compra comercialização e R$ 40,00 no 1.403 compra para comercialização em operação com mercadoria sujeita ao regime de substituição tributária.
No mês teve R$ 80,00 de saídas, sendo R$ 50,00 tributadas integralmente que serão lançadas no CFOP 5.102 venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros e os R$ 30,00 com mercadorias em Substituição Tributária com CFOP 5.405 venda de mercadoria adquirida ou recebida de terceiros em operação com mercadoria sujeita ao regime de substituição tributária, na condição de contribuinte substituído.
Supondo ainda que a empresa esteja na 1ª faixa do anexo I, então para a receita com CFOP 5.012 será aplicada a alíquota de 4% (2,75% CPP + 1,25% ICMS) e para o CFOP 5.405 será utilizada a alíquota de 2,75% somente da CPP, gerando um DAS de R$ 2,83 (neste exemplo acumularia para a próxima apuração).
Att.