Bom dia,
Se a empresa possuir débitos de INSS ela não conseguirá emitir a certidão negativa conjunta.
Até onde olhei o link antigo para emissão de certidão negativa de débitos previdênciarios está desativado para CNPJ, sendo possivel emitir a certidão negativa de débitos de INSS somente pelo link que o Marcos Braga passou.
A certidão negativa sai com as informações a seguir comprovando ser também para o INSS:
"Ressalvado o direito de a Fazenda Nacional cobrar e inscrever quaisquer dívidas de responsabilidade do sujeito passivo acima identificado que vierem a ser apuradas, é certificado que não constam pendências em seu nome, relativas a tributos administrados pela Secretaria da Receita Federal do Brasil (RFB) e a inscrições em Dívida Ativa da União junto à Procuradoria-Geral da Fazenda Nacional (PGFN).
Esta certidão, emitida em nome da matriz e válida para todas as suas filiais, refere-se exclusivamente à situação do sujeito passivo no âmbito da RFB e da PGFN, não abrangendo as contribuições previdenciárias e as contribuições devidas, por lei, a terceiros, inclusive as inscritas em Dívida Ativa do Instituto Nacional do Seguro Social (INSS), objeto de certidão específica."
Há também um link para emitir novamente as certidões antigas de débitos previdênciarios, porém só servirá se houver uma negativa vigênte, dentro do prazo de validade. clique aqui