Bom dia José,
Ver a seguir, Artigos 541 à 543 do RIR/99 - Decreto 3.000/99:
ALÍQUOTAS E ADICIONAL
SUBTÍTULO I
ALÍQUOTAS GERAIS
Art. 541. A pessoa jurídica, seja comercial ou civil o seu objeto, pagará o imposto à alíquota de quinze por cento sobre o lucro real, presumido ou arbitrado, apurado de conformidade com este Decreto (Lei nº 9.249, de 1995, art. 3º).
§ 1º O disposto neste artigo aplica-se, inclusive, à pessoa jurídica que explore atividade rural de que trata a Lei nº 8.023, de 1990 (Lei nº 9.249, de 1995, art. 3º, § 3º).
§ 2º O lucro inflacionário acumulado, até 31 de dezembro de 1987, das pessoas jurídicas abrangidas pelo disposto no art. 2º da Lei nº 7.714, de 29 de dezembro de 1988, será tributado à alíquota a que estava sujeita a pessoa jurídica no exercício financeiro de 1988 (Lei nº 7.730, de 1989, art. 28).
SUBTÍTULO II
ADICIONAL
Art. 542. A parcela do lucro real, presumido ou arbitrado que exceder o valor resultante da multiplicação de vinte mil reais pelo número de meses do respectivo período de apuração, sujeita-se à incidência de adicional de imposto à alíquota de dez por cento (Lei nº 9.249, de 1995, art. 3º, § 1º, e Lei nº 9.430, de 1996, art. 4º).
§ 1º O disposto neste artigo aplica-se, inclusive, nos casos de incorporação, fusão ou cisão e de extinção da pessoa jurídica pelo encerramento da liquidação (Lei nº 9.249, de 1995, art. 3º, § 2º, e Lei nº 9.430, de 1996, art. 4º, § 2º).
§ 2º O disposto aplica-se, igualmente, à pessoa jurídica que explore atividade rural de que trata a Lei nº 8.023, de 1990 (Lei nº 9.249, de 1995, art. 3º, § 3º).
§ 3º Na hipótese do art. 222, a parcela da base de cálculo, apurada mensalmente, que exceder a vinte mil reais, está sujeita à incidência do adicional de que trata este artigo (Lei nº 9.430, de 1996, art. 2º, § 2º).
§ 4º O adicional será pago juntamente com o imposto de que trata o art. 541 (Decreto-Lei nº 1.967, de 1982, art. 24, § 3º).
Irredutibilidade
Art. 543. O valor do adicional de que trata este Subtítulo será recolhido integralmente como receita da União, não sendo permitidas quaisquer deduções (Lei nº 9.249, de 1995, art. 3º, § 4º , e Lei nº 9.718, de 1998, art. 8º , § 1º).
Assim sendo, o adicional de IR deveria ter sido recolhido juntamente com o IR do trimestre em que houve o referido adicional.