Boa tarde Amanda.
No âmbito federal, deve-se entregar o PGDAS-D até a competência do deferimento de baixa, e posteriormente a DEFIS, informando o evento de extinção. Para a DEFIS há prazo de entrega até o último dia do mês subsequente ao evento.
Caso haja obrigatoriedade, entregue também a DIRF, também até o último dia do mês subsequente.
No âmbito estadual, entregue a DeSTDA (não sei se no RJ há mais alguma declaração).
Municipal (ISS), normalmente basta encerrar as competências até o mês da baixa.
Como não faço o setor de departamento pessoal, não saberei lhe informar quais declarações deverão ser entregues (se houver essa necessidade).
Att.