O correto é fazer a reintegração, corrigir o CAGED, corrigir a RAIS (dependendo do caso) e gerar as GFIPs dos meses desde a saída até a data da reintegração. Se isso tudo acontecer via judicial, na ata do processo deverá constar a forma que lidarão com os valores pagos na rescisão. Tem uns que compensam os valores com os salários que seriam devidos durante o tempo que a funcionaria ficou \\\"parada\\\". Outros já compensam os valores em futura rescisão.
Quanto o FGTS, ele é administrado pela Caixa então não tem nada a se fazer a não ser aquilo que determina a Caixa:
A funcionária deverá devolver o valor sacado, através da Guia de Reposição de Pagamento - GRP.
Após esse procedimento a empresa deverá solicitar à Caixa a devolução do valor da multa rescisória, através do formulário RDF
Sabemos que esse procedimento é ignorado por 99,9% dos juízes quando dão causa à reintegração, e também é desconhecido por boa parte dos profissionais da área da DP e até mesmo funcionários da Caixa Econômica. Mas o procedimento correto é esse.
Não dá para emitir a GRP. É preciso que o próprio funcionário vá a Caixa e solicite. O procedimento é feito na hora e tem que ser pago na hora.
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Esqueci de mencionar: o valor da recomposição do FGTS é atualizado, ou seja, todo o JAM (juros) do período do saque até o momento da recomposição é pago pelo funcionário.