Bom dia Solange,
Como disse o Reinaldo é um assunto muito complexo, porém conforme LC 116/2003 pode deduzir o material da B.C do ISSQN
Art. 7o A base de cálculo do imposto é o preço do serviço.
§ 1o Quando os serviços descritos pelo subitem 3.04 da lista anexa forem prestados no território de mais de um Município, a base de cálculo será proporcional, conforme o caso, à extensão da ferrovia, rodovia, dutos e condutos de qualquer natureza, cabos de qualquer natureza, ou ao número de postes, existentes em cada Município.
§ 2o Não se incluem na base de cálculo do Imposto Sobre Serviços de Qualquer Natureza:
I - o valor dos materiais fornecidos pelo prestador dos serviços previstos nos itens 7.02 e 7.05 da lista de serviços anexa a esta Lei Complementar;
Porém muitos municípios não aceitam essa dedução por isso o mais correto seria entrar em contato com o município que ocorreu o serviço e questionar se pode deduzir ou não.
Eu quando emito as NF sigo a legislação do município, porém começamos a adotar uma política na empresa de entrar com processo administrativo junto a prefeitura para restituir o valor pago a maior, no caso temos todas as NF de compra com os dados da obra ( CEI e Endereço) destacado nos dados adicionais.
http://www.planalto.gov.br/ccivil_03/leis/LCP/Lcp116.htm
Qualquer dúvida estou a disposição.
Att.