Olá Helton Jaime
Cara, o que você pode fazer é tentar já configurar a alíquota para esses produtos, no cadastro de item. Mas ficaria uma coisa um pouco tanto complicada, pois a alíquota que determina o crédito de ICMS de aquisições de produtos das empresas do Simples Nacional podem variar de Fornecedor para Fornecedor. Inclusive nos casos em que um mesmo produto for vendido por diversos Fornecedores.
Outra situação complicada: você só pode aproveitar o crédito se o Fornecedor optante discriminar esse crédito nas Informações Complementares de Interesse do Fisco. Outro coisa que você precisa analisar é se realmente vai poder se creditar desse ICMS. Sim, pois pelo menos aqui temos muitos problemas com empresas do Simples Nacional que utilizam NCMs erradas em seus itens, que por exemplo, deveriam ser tributados na regra de ST.
A pior coisa que o Estado de São Paulo fez foi obrigar-nos a demonstrar o crédito por item. Antes agente tinha até um campo na Domínio (que alías, ainda existe) no qual agente só inseria os valores de base de Base de Calculo, Alíquota e Valor a ser creditado. Essa informação aparecia nos campos de ajuste.
Infelizmente a Domínio não tem como fazer uma relação que te permita agilizar o processo. Pelo menos, você já tentou falar com eles acerca dessa dificuldade?