Sandro, não necessariamente, pois a maioria dos protocolos informa - é comum, inclusive, ser logo no 1º parágrafo, que o ICMS ST é aplicável nas venda com mercadoria destinada ao uso e consumo ou ativo imobilizado. Neste caso - e é o exemplo que eu citei acima - o ICMS ST nada mais é que uma antecipação do diferencial de alíquota que o meu destinatário recolheria na apuração.
Exemplo: PROTOCOLO ICMS Nº 136, DE 6 DE DEZEMBRO DE 2013
]Cláusula primeira - Nas operações interestaduais com as mercadorias listadas no Anexo Único deste protocolo, com a respectiva classificação na Nomenclatura Comum do Mercosul/Sistema Harmonizado - NCM/SH, destinadas ao Estado do Rio de Janeiro ou ao Estado de São Paulo, fica atribuída ao estabelecimento remetente, na qualidade de sujeito passivo por substituição tributária, a responsabilidade pela retenção e recolhimento do Imposto sobre Operações Relativas à Circulação de Mercadorias e sobre Prestações de Serviços de Transporte Interestadual e Intermunicipal e de Comunicação - ICMS relativo às operações subsequentes.
Parágrafo único - O disposto no caput aplica-se também à diferença entre a alíquota interna e a interestadual sobre a base de cálculo da operação própria, incluídos, quando for o caso, os valores de frete, seguro, impostos e outros encargos transferíveis ou cobrados do destinatário, na hipótese de entrada decorrente de operação interestadual, em estabelecimento de contribuinte, de mercadoria destinada a uso, consumo ou ativo permanente
A dúvida da minha questão ainda permanece.