Prezado André, e demais com mesmo caso.
Uma ONG ( Associação / Fundação / etc) tem suas Obrigações Acessórias, como toda empresa. Inclusive por se tratar de entidades sem fins lucrativos, faz-se a necessidade de manter transparente os balanços e relatórios pois o Ministério Público sempre pode questionar e exigir documentos numa eventual fiscalização.
As obrigações de uma ONG são semelhantes a uma Empresa no Lucro Presumido, ou seja, um pouco mais trabalhosa que uma empresa otante do Simples Nacional.
Embora muitos usam o termo Imposto de Renda, esse termo se aplica ao imposto em si. As declarações anuais, chamadas de DIPJ, já não recebem essa nomenclatura. Foram substituidas pelo ECF e ECD ( essa última só exigida de ONG com certo movimento considerável)
No caso da ONG deveria entregar o SPED ECF anualmente ( Ano base 2015 entrega em 2016, e assim por diante)
As certidões negativas não emitem justamente por não haver entrega das obrigações!
Quando entregar o sistema da Receita vai gerar uma multa por Documento em atraso, geralmente R$ 500,00.
Além da ECF ( que substituiu a DIPJ), as empresas ONG, devem apresentar a DCTF mensalmente ou no caso de sem movimento anualmente referente a Janeiro de cada ano.
Também não se pode esquecer das GFIPS (INSS) entregues anualmente ( no caso de não ter funcionário). A ausência de GFIP impede a emissão de certidões.
Atraso na DCTF e na GFIP tambem geram multas [ R$ 500,00 DCTF e R$ 200,00 GFIP] para cada uma entregue em atraso, ou seja 1 por ano no caso da questão acima.
Resumindo R$ 1.200,00 por ano x 3 anos = R$ 3.600,00 ( algumas multas caem 50 % se pagos no mesmo mês).
Quanto a pessoa física não influencia em nada na questão da ONG, e pela sua renda ( que deve ser de outra fonte) você é isento de declarar, embora eu aconselho a todos que tenha um CNPJ sob sua responsabilidade declarar anualmente.
Espero ter ajudado !!!
CONTABIL7