Bom Carlos que dá para fazer manual é verdade,mas se você não tem conhecimento na área fica difícil te ensinar tudo pelo forum.
Em primeiro lugar os sistemas contabeis, em geral são bastante caros,além do preço de compra, ainda tem o suporte mensal, que em geral é bastante alto. Existem alguns programas gratuitos, mas que se paga o suporte mensal, e se você deixa de pagar, o sistema fica bloqueado.
Em segundo lugar são muitos detalhes para se assinar a CTPS de alguém, Salario família, sindicatos, Transporte, a folha de pagamento e o contra-cheque, podem até serem feitos pelo word, mas vai te dar um trabalho extra pela falta de experiência... isso sem falar no SEFIP, que já é complicado até para nós que somos profissionais, e no seu caso específico, no SEFIP ainda tem uma particularidade da compensação por conta das dedução do MEI.
Sinceramente, mesmo que você não esteja obrigado a manter Contabilidade, eu aconselharia você a conversar com contador perto de seu negócio, e tentar um contrato de prestação de serviços somente para a folha e SEFIP.
Dessa forma você ficará com a mente mais livre para gerenciar seu negócio, focando seu olhar para o centro de seu empreendimento. Deixando o lado burocrático e chato da coisa, nas mãos de quem já tem experiência com isso.
Para empreender com sucesso, muitas vezes, precisamos entender que descentralizar é nosso maior investimento.
Sucesso à você!