O problema não está no sistema periódico, mas na forma como a perda está sendo registrada. Se você está baixando apenas o valor da perda, sem ajustar a quantidade física do estoque, cria-se uma distorção: o estoque contábil diminui em valor, mas a quantidade permanece praticamente a mesma. Isso altera o custo médio e gera divergência entre estoque físico e contábil.
Na desossa, a perda é técnica e quantitativa. Quando há quebra ou rendimento menor, é preciso reduzir tanto o valor quanto a quantidade do estoque.
Exemplo:
Suponha que você tenha 1.000 kg de carne no estoque, avaliados em R$ 10.000,00 (R$ 10,00 por kg). Se houver uma perda técnica de 200 kg, o estoque real passa a ser 800 kg. O correto é baixar 200 kg e R$ 2.000,00 do estoque. Assim, o estoque final ficará em 800 kg avaliados em R$ 8.000,00.
Se você baixar apenas R$ 2.000,00 e continuar informando 1.000 kg, o custo por kg cairá artificialmente para R$ 8,00, distorcendo o CMV e o lucro.
Portanto, a perda deve reduzir quantidade e valor simultaneamente, para manter coerência entre controle físico e contábil.