Maria, mesmo que ele tenha MEI e seja feito um contrato de prestação de serviço, isso não impede um reconhecimento de vínculo trabalhista se na prática existirem os requisitos do vínculo (habitualidade, subordinação, pessoalidade e onerosidade).
No caso que você mencionou, ele faz entregas 3 vezes por semana com jornada definida então o risco jurídico continua existindo.
O contrato como MEI pode ajudar a formalizar a relação comercial, mas ele não garante proteção contra uma possível ação trabalhista, porque a Justiça do Trabalho analisa principalmente como o trabalho acontece na prática, e não apenas o contrato assinado.