Saudações!
Situação comum em migração de cliente, mas que exige atenção para não gerar passivo desnecessário.
A boa notícia: você consegue enviar o evento S-2230 (Afastamento Temporário) com o motivo de férias informando as datas reais de gozo, mesmo em atraso, sem que isso gere automaticamente pagamento em dobro.
O pagamento em dobro (art. 137 da CLT) é uma penalidade civil devida ao empregado quando as férias são concedidas fora do período concessivo, e não uma consequência automática do envio tardio ao e-Social.
O que você precisa avaliar antes de enviar:
As férias foram pagas dentro do prazo legal (até 2 dias antes do início do gozo)? Se sim, o risco trabalhista já está bastante reduzidoO período aquisitivo estava vencido quando foram concedidas? Se estava, aí sim o dobro pode ser reclamado pelo empregado na Justiça do Trabalho, independente do e-Social
Verifique se há multa por atraso no envio do evento ao e-Social, que é uma questão separada e depende da data de obrigatoriedade do empregador
Na prática: envie o S-2230 com as datas corretas de gozo, sem reprocessar a folha. O sistema não vai gerar dobro automaticamente por isso. O risco de dobro é jurídico, não sistêmico.
Recomendo alinhar com o RH da empresa nova um levantamento completo de todos os períodos em aberto antes de iniciar os envios, para regularizar tudo de uma vez e ter clareza do que pode ou não ter exposição trabalhista.