Vejamos:
LC 123/2006
Art. 42. Nas licitações públicas, a comprovação de regularidade fiscal das microempresas e empresas de pequeno porte somente será exigida para efeito de assinatura do contrato.
Art. 43. As microempresas e empresas de pequeno porte, por ocasião da participação em certames licitatórios, deverão apresentar toda a documentação exigida para efeito de comprovação de regularidade fiscal, mesmo que esta apresente alguma restrição.
§ 1º Havendo alguma restrição na comprovação da regularidade fiscal, será assegurado o prazo de 2 (dois) dias úteis, cujo termo inicial corresponderá ao momento em que o proponente for declarado o vencedor do certame, prorrogáveis por igual período, a critério da Administração Pública, para a regularização da documentação, pagamento ou parcelamento do débito, e emissão de eventuais certidões negativas ou positivas com efeito de certidão negativa.
§ 2º A não-regularização da documentação, no prazo previsto no § 1º deste artigo, implicará decadência do direito à contratação, sem prejuízo das sanções previstas no art. 81 da Lei nº 8.666, de 21 de junho de 1993, sendo facultado à Administração convocar os licitantes remanescentes, na ordem de classificação, para a assinatura do contrato, ou revogar a licitação.
Podemos observar que Art. 42. e Art. 43. se contradizem, porém pela melhor interpretação podemos concluir que a ME ou EPP de deverá apresentar toda documentação exigida para efeito de habilitação principalmente de regularidade fiscal, pois caso haja alguma restrição será concedida o prazo de 2 dias prorrogáveis por mais 2 a critério da Administração para regularização da documentação.
Sendo assim, terá que apresentar o envelope de habilitação assim como o da proposta, contendo toda a documentação exigida no edital inclusive se esta conter alguma restrição, ambos serão abertos e conferidos na Sessão, só assim a ME ou EPP poderá se beneficiar desta Lei, até pq uma empresa só poderá ser contrata (assinar contrato) após declarada vencedora do certame. Lembrando que qualquer empresa ME, EPP e normal deverá no ato da contratação e pagamento comprovar a regularidade fiscal (INSS, Conjunta Federal e FGTS).
Espero ter ajudado.