ISS Retido na Fonte - Em qual município recolher?

Bom dia Caros colegas, necessito de ajuda na situação abaixo:

Características:
Prestador do Serviço optante pelo SIMPLES (Alíquota 2%), sede localizada em Belém.
Tomador do Serviço é substituto tributário - Administração Pública Indireta, sede localizada em Belém com mais unidades em outros 2 municípios do Estado.

Situação:
Foi programado 3 empenhos, 1 pra cada município que atuamos;
A Empresa prestadora entregou os serviços (CNAE 742000100) , conforme a programação de empenho;
Após as etapas de atesto e controles administrativos, chegou ao financeiro 3 NFe emitidas pela SEFIN Belém;
Entretanto observa-se que o prestador de serviço colocou nas 3 notas, "Local da prestação do serviço: Belém" e "Incidência: Belém", não direcionando para os outro municípios o imposto de serviço, como devo proceder?

Temos receio de perder o prazo para o recolhimento do imposto.