Bom dia, Fabiano!
Caso o Empreendedor Individual possua conta bancária, ele poderia utilizar os extratos bancários para demonstrar os valores recebidos em decorrência da atividade. É importante salientar que o Relatório Mensal das Receitas Brutas - por si só - não é capaz de comprovar os valores nele registrados, tanto que - no final do documento - é mencionada a necessidade de "anexar" os documentos comprobatórios que originaram tais valores. Seria interessante que o seu cliente (MEI) tivesse um bloco de notas fiscais no intuito de registrar a movimentação, sempre observando o limite de faturamento mensal (R$ 5.000,00).
Até mais...