Rateio do frete -custos de importação

Bom dia.
Por favor, gostaria de saber se alguém já teve problemas na alteração do custo médio devido o rateio do frete na importação de produtos.
Segue o fato para melhor visualiação:
A empresa faz importaçãoes, podendo ser frete aéreo ou maritimo, no entanto sempre traz um consolidado, com itens de diferentes valores e pesos. Como o frete na importação é rateado pelo peso, conforme legislação aduaneira, temos casos em que o custo médio desse item sofre uma alteração relevante devido esse rateio.

Devido isso estamos fazendo vários estudos para verificar a melhor alocaçao desse custo de frete.
Será que temos embasamento em fazer a alteração desse rateio, assim que formos alimentar o estoque, deixando diferente da DI e nfe de entrada? Ou temos que seguir fielmente a DI e NFe?

Alguém já vivenciou essa situação? Como foi feito a análise e soluções possíveis? Por favor, poderiam compartilhar?

Obrigada.