Olá James,
O correto seria a empresa fazer o acerto de contas com ela pagando as verbas devidas (salário proporcional, férias proporcional, décimo terceiro proporcional), bem como descontar as verbas devidas (adiantamento, aviso proporcional caso não tenha avisado com 30 dias de antecedência). Como não é um vínculo formal, lógico que ninguém irá fazer conta de INSS a descontar ou FGTS a pagar.
Agora a empresa pode não querer acertar nada pelo fato de ela não ser registrada, e aí cabe a ela decidir acionar o sindicato da categoria ou mesmo abrir uma trabalhista.
Torço para que a empresa tenha uma boa índole e faça os acertos com ela. Boa sorte.