D.R.E - CONTABILIZAÇÃO ENTRE EMPRESA X ESCRITORIO CONTABIL

Olá Senhores, 
Como administrador de pequena empresa, tenho uma duvida a seguir, seguindo um exemplo pratico para melhor entendimento de minha duvida(s):

A empresa CLINICA XYZ ESTETICA. abriu as portas e conta como um escritorio de contabilidade para os fins contabeis e pessoais, toda via a clinica contratou um sistema de gestao ERP onde permite controlar fluxo de caixa, estoque, notas, e tudo que é mais direito sobre gestao da clinica. Em contrapartida o escritorio de contabilidade possui um outro sistema onde sao feitos lançamentos, ou seja, a duvida começa aqui... "Como a contabilidade vai sincronizar os dados do sistema deles com o da clinica?" ..... logo, para que a contabilidade apure nesse exemplo que estamos seguindo, a DRE no final do mês para apresentar aos gestores (donos que seja) da clinica, para saber se deu LUCRO ou PREJUIZO no periodo apurado, um dado por exemplo de extrema importancia é os custos dos produtos utilizados nos procedimentos da clinica, por exemplo, digamos que a clinica aplica BOTOX, e outros insumos nos procedimentos esteticos, dos quais possuem custo de estoque... como a contabilidade sabera o CUSTO DE PRODUTOS GASTOS (CMV - CPV - CSP) (gastos nos procedimentos) ? Poderiam me citar qual deveria ser os procedimentos na pratica tanto por parte da clinica e quanto por parte da contabillidade para que no final do periodo a DRE seja completamente real e sem falhas.

Em suma fica duas duvidas no topico:
- Como a contabilidade lida com dois sistemas, sendo o da clinica e o deles. (Sincronia de dados, entrada de NFE, se é feita pelo sistema da clinica ou pelo da contabilidade ou em ambos, e outras operaçoes, etc)

- Como é feita a comunicação e quais deveres que a clinica deve fazer na pratica para que no final do periodo ou diariamente, nao sei como senhores irao m e responder, quanto aos lançamentos de exemplo do CMV (custos de produtos vendidos, ou produtos utilizados nos procedimentos).

Forte abraço e aguardo ajuda nessas duvidas que me deixam realmente preocupados, pois como nao tenho contabilidade interna, percebo que essa comunicação entre a empresa x contabilidade fica meio confuso para mim, e minha contabilidade quer que eu use um sistema deles, porem hoje em dia sabemos que os softwares estao se especializando por areas, entao por exemplo, querem que use o CONTA AZUL ERP pois da sincroniza com sistema deles, porem nao é um software especifico para determinado RAMO, mas enfim, aguardo a ajuda de voces e se puderem ser praticos e da exemplos dentro do que eu disse nessas duas duvidas.