Bom dia
Estou com este mesmo problema, entrei no chat Receita Federal e consegui ser atendida, segundo ela terei que fazer o seguinte:
Após algumas verificações nos sistemas, constatei que há GFIP exportada indevidamente para competências em que você já estava obrigado ao envio de DCTFWeb, cuja orientação para liberar a pendência é transmitir a GFIP de Exclusão. Por outro lado, como está solicitando tratamento com urgência, por estar impedido de obter certidão negativa, por cobranças indevidas, excepcionalmente neste caso, irei registrar um pedido de suporte ao setor de “Cobrança GFIPxGPS” para que a GFIP seja invalidada e libere a pendência da cobrança.
Esse registro do pedido que ela fará no suporte, tenho que retornar daqui 5 dias úteis para ver qual será a resposta do pedido.
Agora é aguardar essa baixa para a empresa enquadrar novamente no Simples Nacional