Aqui no nosso escritório fazemos da seguinte maneira:
1) Pagamento da primeira parcela:
D- Adiantamento do 13º (AC)
C- Caixa/Banco (AC)
Desconto do pagamento da primeira parcela efetuada por ocasião do pagamento da segunda parcela do 13º:
D- 13º a pagar (PC)
C- Adiantamento do 13º (AC)
Desconto do pagamento da primeira parcela efetuada por ocasião de eventual rescisão:
D-Salários/Rescisões a pagar (PC)
C- Adiantamento do 13º (AC)
Encargos descontados no pagamento da segunda parcela
D- 13º a pagar (PC)
C - Encargos a pagar (INSS, IRRF, etc) (PC)
2) INSS patronal e FGTS provisionados. Geralmente são transferidos no momento do pagamento da segunda parcela ou no momento da rescisão. No caso de rescisão, fique atenta para a forma de rescisão (FGTS pode ser recolhida através da guia mensal ou através da GRRF). O lançamento basicamente é:
D- INSS ou FGTS sobre 13º a recolher (PC)
C - INSS ou FGTS a recolher (PC)
3) Uma parte citei no primeiro item, mas basicamente você precisa olhar os valores constantes na rescisão como "Férias proporcionais" e "13º Proporcional" e lançar assim:
D - Férias ou 13º a pagar (PC)
C- Salários ou Rescisões a pagar (PC)
Observação: Com relação as diferenças, verifique com o departamento pessoal qual o motivo. Geralmente ocorre por divergências nas médias de variáveis (hora extra, atraso etc). Caso exista algum erro, verifique no regulamento do seu trabalho como reportar tal ocorrência. Independente do motivo, o lançamento seria um estorno parcial do lançamento de origem.
Resumi os lançamentos, pois gostaria apenas de passar a ideia que adotamos aqui, mas é preciso adaptar para seu plano de contas e seu método de trabalho.