Boa tarde. Com relação ao contrato de prestação de serviço. Não terá problema.
Terá que lançar este prestador autônomo como contribuinte individual na SEFIP OU ESOCIAL e recolher inss, issqn e irpf ( se for o caso). Isso em se tratando de pessoa física autônoma. Faz um recibo de RPA e contabilize a despesa.
D- Banco Conta Movimento com restrição Ac
C- Pojeto Proac a Realizar PC
D- Despesa Prestador Serviço Despesa
C- Banco Conta Movimento com restrição AC
D-(-) Prestação Serviço Pessoa Física Proac PC
C- Receita do Projeto Pronac pessoal Receita
Creio que seria assim. Pois manteria o desembolso, lançaria conta redutora para prestação de contas e receita com a realização do projeto.