Simples Nacional

Boa dia! Paguei do dia 03/01 três guias do GPS que estavam em atraso há anos, mas até agora consta na solicitação do reenquadramento do Simples Nacional esses débitos. 

(A contadora fez o pedido para reenquadramento dia 05/01) 

É normal demorar isso tudo para o sistema constar o pagamento? Existe também o problema de pendências cadastrais/fiscais com o estado de São Paulo, mas a contadora está pesquisando o que pode ser. Preciso enviar notas fiscais, mas tenho receio de dar algum problema. 

Boa tarde
"Paguei do dia 03/01 três guias do GPS que estavam em atraso há anos"
Confira se o pagamento ja caiu no sistema. Qualquer erro de digitação na hora do pagamento pode invalidar o pagamento (nas guias mais antigas era comum esse erro)

"Preciso enviar notas fiscais, mas tenho receio de dar algum problema. "
Você fala enviar para a contabilidade? Se sim, deve enviar todos os dados possiveis para que a contadora possa solucionar qualquer pendencia
Ou você está falando que precisa emitir notas fiscais no momento? Se a resposta for sim, você pode continuar emitindo. Não há problema. O emissor irá impedi-lo de emitir as notas como simples nacional, mas pode colocar como regime normal e prosseguir com a emissão. Sugiro ainda destacar a situação da empresa nos dados complementares da nota fiscal.

Segue link aqui do Forum Contabeis falando das pendencias em SP:
www.contabeis.com.br