Auxílio-doença entre dois períodos de férias

Gostaria de saber como proceder nesta situação abaixo:
Um funcionário recebeu auxílio doença entre o final de um período aquisitivo de ferias e o começo de outro período aquisitivo totalizando 196 dias. Ou seja, 89 dias no final do período 2011/2012 e 107 dias no começo do período 2012/2013.

Este funcionário vai perder o período de férias ou vai ser proporcional cada período?

Só perderia se ficasse mais de 180 dias afastado dentro de cada período aquisitivo de férias.

Perderá o direito as férias o empregado que no curso do período aquisitivo:
a) deixar o emprego e não for readmitido no prazo de 60 dias;
b) permanecer em gozo de licença com percepção de salário por mais de 30 (trinta) dias;
c) deixar de trabalhar, com percepção de salários, por mais de 30 (trinta) dias, em virtude de paralisação parcial ou total dos serviços da empresa;
d) tiver percebido, da Previdência Social, prestações de acidente do trabalho ou auxílio-doença por mais de 6 (seis) meses, embora descontínuos.

OBS: Em todos os casos acima descritos, as faltas ou afastamentos tem de ser "DENTRO DO PERÍODO AQUISITIVO". Caso haja afastamento incluindo os dois períodos o funcionário não perderá o direito às Férias.

Jani,
Seu empregado tem direito às férias normalmente, tanto do primeiro período quanto do segundo, uma vez que, como citaram os colegas acima, ele não ficou afastado por mais de 6 meses dentro do mesmo período aquisitivo.
Desta forma, ele terá 30 dias de férias de 2011/2012 e 30 dias de férias relativo a 2012/2013 (regra geral - se teve faltas, ver art. 130 da CLT).