Vale transporte & compensação de hora

Boa tarde,

Estou em dúvida quanto as umas ressalvas em umas homologações feitas,onde houveram as seguintes anotações:restituição do vale transportes e benefícios domingos/feriados.A empresa diz está acobertada,pois quanto ao pagamento de vale transporte,faz distribuição do beneficio em dinheiro,pois diz a CLT não haver nada especificando quanto a forma de distribuição do beneficio.Já o MTE vem estimulando as empresas através de uma lei que há obrigatoriedade da distribuição através de magnéticos ou ticket,feito diretamente pelas operadoras,mesmo assim as empresas vem promovendo essa prática do pagamento em dinheiro,tendo como base diversas súmulas que defende a tese do pagamento em dinheiro,quando há pleitos na justiça do trabalho ou fiscalização do MTE,temos a tese de defesa favorável a empresa.E em relação aos sábados trabalhados,diz a empresa que quando os funcionários trabalha no sábado folgam no domingo e vise-versa,atendendo assim a folga semanal remunerada.Gostaria de uma orientações quanto a prática da empresa quanto ao pagamentos do vale transporte e compensação de horas conforme foi exemplificado dentro da lei para podemos debater junto ao sindicato de uma forma mais segura.

Agradece desde já
Alexsandra Patrícia