Meu amigo Silvio
Até onde entendo e tenho feito por aqui, o certo seria fazer a rescisão de contrato e levar ao sindicato ou promotoria para poder homologá-la.
E ainda por segurança, levar o comprovante que diz que ele não está mais em beneficio pelo INSS, e os documentos assinados corretamente comprovando que o referido empregado pediu demissão da empresa.
Não esqueça de anexar o saldo de fins rescisórios que comprova que mesmo o funcionário pedindo demissão o saldo do FGTS dele encontra-se depositado na C.E.F , e ainda o atestado médico que comprove que não existe nada que impeça a demissão do mesmo para que não venha trazer problemas futuros para a empresa.
Sempre fiz este procedimento e nunca tive problemas.
Espero ter lhe ajudado
Flavio Cesar