Olá Erika,
A tolerância é de 5 minutos no início ou término da jornada e/ou intervalo intrajornada, sendo que, se a soma exceder a 10 minutos no dia, então deverá ser pago/descontado o período integral. Ex:
Horário contratual 08h00 - 12h00 - 13h00 - 17h30 e o empregado trabalhou 07h56 - 12h01 - 12h58 - 17h34. Note que em nenhum momento o horário excedeu a 5 minutos no início ou término da jornada e/ou intervalo intrajornada, mas a soma dos minutos trabalhados a mais deu 11 minutos. Logo, você deve pagar os 11 minutos como hora extra (sem falar numa possibilidade de multa por intervalo intrajornada inferior a 1h00). O mesmo ocorre com os atrasos (Ex: 08h03-11:58/13:03-17:27).
Mas a tolerância é um fato extraordinário (assim como hora extra) e não deve ser entendido como um direito do trabalhador. Se você verificar que o trabalhador está utilizando a tolerância de forma indevida, com único intuito de trabalhar menos todos os dias sem ter prejuízo, entendo que você poderá advertí-lo e descontar, em razão da quebra do princípio da boa fé que sempre norteio os contratos de trabalho, e embasando pelo inciso "e" do artigo 482 da CLT (Desídia).
De toda sorte, como lembrou nosso colega Carlos, verifique na CCT se não há disposição diferente para tolerância.
Espero tê-la ajudado.