prorrogação de contrato de trabalho por prazo determinado

estou com um problema em meu serviço contratamos um funcionário recentemente com contrato por tempo determinado de 90 dias por da realização do concurso público regido pela CLT para preencher o quadro temporariamente, porem o responsável do setor quer continuar com o funcionário por mais um tempo para poder ensinar o novo funcionário que vai assumir o concurso (contrato regido pela CLT), gostaria de saber qual procedimento devo fazer nessa prorrogação, preciso fazer uma nova anotação na CPTS? pois na contratação nas anotações gerais foi informado que o contrato era de 90 dias,

O contrato de experiência se resulta em somente 90 dias, não podendo mais ser prorrogado.

No seu caso, deverá manter o funcionário e demiti-lo, pagando assim todos os seus direitos.

Mateus, se a contratação não foi para experiência, conforme o que consta no contrato formal assinado com o empregado, pode ser que seja possível sua prorrogação uma única vez, mas vai depender sob qual Lei foi feita esta contratação.