Magno Bastos de Paula,
Eu estava com o mesmo problema que o seu, após a importação recebia o seguinte erro:
" erro do java.io.InvalidClassException: br.gov.mte.homolognet.comum.entity.id.EmpregadorId; local class incompatible: stream classdesc serialVersionUID = Oculto970217, local class serialVersionUID = Oculto772625 ."
Mas pesquisei na internet e fiz um procedimento que vi numa orientação de uma empresa de software e deu certo, então vou dividir com vocês.
Vá em painel de controle, em java, na aba geral, em arquivos temporários da internet na opção configurações ou definições de acordo com a versão, depois clique em deletar arquivos, vai aparecer uma caixa de seleção com três opções, marque "rastrear e registrar arquivos" e "aplicações e applets armazenados em cache", a terceira opção " aplicações e applets instalados "deixe desmarcada e clique em ok.
Após esse procedimento é só abrir o apple de importação do homolognet e importar o arquivo xml, no meu caso funcionou.