Olá Mauricio, a empresa informou a RFB através da DIRF que pagou ao CPF tal mensalmente, os valores tais, com as devidas retenções se for caso. Quando for na época própria, o CPF tal, vai declarar através da sua declaração anual do IRPF, que recebeu do CNPJ tal, valor total de tanto e que tem um imposto retido de tanto, se for o caso. Desse modo a RFB cruza as informações, se as informações do CPF baterem com as informações da DIRF, beleza, se não, é necessário às devidas correções. Se não era isso que você queria saber, retorne.