Como funciona o pagamento de salário de funcionária afastada

Olá pessoal,
eu sou MEI e não tenho um contador, minha funcionária está gestante e está quase saindo de licença
gostaria de informações como vai funcionar o pagamento do salario, pelo que pesquisei não entendi bem se eu vou pagar ela todo mês normalmente e depois vai ser abatido nos impostos que pago, ou ela receberá direto do FGTS ou algo assim?

Grato!

Bom dia Daniel,

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Att,